性功能障碍分为二大类，即功能性性功能障碍和器质性性功能障碍。
一，功能性性功能障碍：身体并没有出现生殖系统、神经系统、内分泌系统的器质性病理改变的情况。出现性功能障碍的原因是出现了性相关系统、环节功能紊乱。如：大脑皮质功能紊乱、内分泌功能失调、失平衡等。用简单的比喻就是“电脑”并没有“硬件损坏”，“死机或运行不畅”是“操作系统”或“某些软件”出现了问题。在学科划分上，功能性性功能障碍属于心理学研究范畴，功能性性功能障碍是心理学行为主义学派的一个分支。
二，器质性性功能障碍：性功能障碍是由于生殖系统、神经系统、内分泌系统出现了器质性的病变。即“电脑”的“硬件”出现了损害，要作“硬件”的修复甚至更换了。而要修复人类的“硬件”则比较困难，这也是器质性性功能障碍治疗比较困难的原因。器质性性功能障碍属于临床医学范畴，需要到正规医院的专科进行检查治疗。
在临床上，功能性性功能障碍占90%以上。而器质性性功能障碍的患者在10%以下。
但近年，一些泌尿外科、妇科医生报告，性功能障碍患者中，往往可以检查出器质性病因，认为性功能障碍患者中，器质性占主要原因。但这样的观点受到质疑，因为在西方，由于性知识普及程度高，大众可以根据自己的情况作出初步判断而选择不同的机构求助。那些功能性因素导致的患者很少会到医院求医;而到医院求医的患者不少是由心理治疗机构转介而来。由于不同机构接触的患者类型不同，即“病源分流”的原因，心理治疗机构和医院才会有这种差别较大的观点存在。
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