一般情况下，由于引起精子畸形的原因较多，因此治疗精子畸形需要对症下药。可以通过生活调理、药物治疗、手术方式进行治疗。
1、生活调理：可以多吃一些有助于补肾的食疗。帮助补肾，强身健体。长期抽烟，过量饮酒，以及熬夜等也会导致精子畸形，因此一定要养成良好的生活作息习惯，定时吃饭和睡觉，保证充足的睡眠和营养，适量饮酒，同时加强体育锻炼，有助于治疗精子畸形。还要远离放射性以及重污染的环境。
2、药物治疗：可以在医生指导下使用左卡尼汀口服溶液、五子衍宗丸等药物。
3、手术治疗：对于一些先天性发育不全，内分泌异常的，需要通过精索内静脉结扎术、精索静脉高位微创术等手术的方式进行治疗，给与内分泌功能调整。从而恢复精子的活力和数量以及状态。
