- 南昌大学附属眼科医院（江西省眼科医院）
三级甲等江西南昌市
- 重点科室：眼底病科（玻璃体视网膜病）眼眶病眼肿瘤眼外伤科（眼整形科、泪道病方向）、白内障科青光眼科屈光科（近视激光矫正）
- 南昌大学附属口腔医院（江西省口腔医院）
三级甲等江西南昌市
- 重点科室：牙体牙髓科、口腔修复科、口腔正畸科、口腔正颌外科、口腔预防科
- 中国人民解放军联勤保障部队第九〇八医院
三级甲等江西南昌市
- 重点科室：心血管内科、神经外科
- 中国人民武装警察部队江西省总队医院
三级甲等江西南昌市
- 重点科室：骨创伤外科（骨科；含脊柱、关节镜、手外与显微修复专业组）创伤外科／创伤急救中心（急诊科／急救科）眼科（眼科中心）准分子科（准分子激光近视治疗中心）妇产科（妇科中心）泌尿外科（泌外科；含男科与肾移植中心）神经外科五官科（眼耳鼻喉头颈外科／耳鼻咽喉科）风湿科（风湿免疫科／风湿专科
- 赣南医科大学第一附属医院
三级甲等江西赣州市
- 重点科室：心脏大血管外科、神经外科、儿科、泌尿外科、疼痛科、医学检验科、皮肤科、心血管内科、血液内科、康复医学科、重症医学科、普通外科、中医科、骨科、神经内科、肿瘤内科、呼吸与危重症医学科、耳鼻喉头颈外科、急诊科、胸外科、眼科、麻醉科、超声医学科、妇产科、病理科
- 赣州市人民医院（南方医院赣州医院）
三级甲等江西赣州市
- 重点科室：普外科、神经外科、血液内科、神经内科、骨科、消化内科、创伤急救中心、麻醉科、妇科、急诊科、心血管内科、泌尿外科、胃肠外科、呼吸内科
- 赣州市立医院（广东省人民医院赣州医院）
三级甲等江西赣州市
- 重点科室：烧伤整形外科、心血管内科、心胸外科、麻醉科、泌尿外科、神经内科
- 赣州市第三人民医院（赣州市心理康复中心、赣州医学院附属老年医院）
三级甲等江西赣州市
- 重点科室：普通精神科、心理与睡眠科、老年精神科
- 赣州市第五人民医院（赣州市肝病医院、赣州市肺科医院、赣州市传染病医院）
三级甲等江西赣州市
- 重点科室：肝病科、呼吸科、肝胆外科、结核科
- 赣州市妇幼保健院
三级甲等江西赣州市
- 重点科室：产科、儿童呼吸内科、儿童神经内科、儿童内分泌科、儿童感染及肾内科、儿外科、新生儿外、新生儿科（含遗传代谢病筛查）、麻醉科、儿科、生殖与遗传科
- 赣州市中医院
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- 重点科室：骨伤科、肛肠科、针灸康复科、治未病科、肾病科、脾胃病科
- 赣州市南康区中医院
三级甲等江西赣州市
- 重点科室：肾病科、肿瘤科、针灸康复科
- 宁都县人民医院
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- 重点科室：急诊科、骨科（关节外科、脊柱外科）、老年病科、心血管内科、泌尿外科、消化内科
- 于都县人民医院
三级甲等江西赣州市
- 重点科室：心血管内科、关节外科、泌尿外科
- 九江市第一人民医院
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- 重点科室：护理学科、心血管内科、普外科、风湿免疫科、肝胆外科、泌尿外科、麻醉科、内分泌科、眼科、肾内科、乳腺肿瘤科、肿瘤综合放化疗科、重症医学科、神经外科
- 九江学院附属医院
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- 重点科室：耳鼻咽喉头颈外科、眼科学、医学检验、消化内科、护理学科、神经内科、呼吸与危重症医学科、骨科、重症医学科、肝胆外科、皮肤科
- 九江市第三人民医院（九江市肿瘤医院）
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- 重点科室：肺癌、食管癌、乳腺癌、胸膜间皮瘤、胸腺瘤、纵膈肿瘤、胃癌、结直肠癌、肝癌、胆管癌、胰腺癌、重症肝炎、慢性肝炎、病毒性肝炎、肝硬化、自身免疫性肝炎、酒精性肝炎、脂肪肝、药物性肝炎、妊娠肝损害、结核性脑膜炎、盆腔结核、淋巴结结核、骨结核、腹腔结核、泌尿系结核
- 九江市第五人民医院（九江市老年医院、九江市心理医院）
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- 重点科室：心理卫生中心、老年康复科、心理科
- 九江市中医医院
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- 重点科室：肾病科、骨伤科、肿瘤科、康复医学科、脑病科、肝病科、治未病中心、肛肠科、血液透析科、糖尿病科、针灸科、风湿病科、皮肤科、男性科
- 九江市妇幼保健院（九江市儿童医院）
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- 重点科室：新生儿科、妇科肿瘤科、妇产科微创、小儿呼吸内科、产科、儿童骨科、小儿普通外科、小儿神经内科、辅助生殖科