- 福州市中医院（福州市人民医院）
三级甲等福建福州市
- 重点科室：神志病科、妇科（孙氏妇科）、儿科（陈氏儿科）肛肠科（邓氏肛肠科）、脾胃病科、糖尿病科（内分泌科）、药膳食疗科、治未病科、中药临床药学（药学部）、骨伤科（脊柱骨科／创伤骨科／骨关节与运动）、呼吸与危重症医学科
- 中国人民解放军联勤保障部队第九〇〇医院
三级甲等福建福州市
- 重点科室：肝胆外科、泌尿移植学科、消化内科、普通外科、呼吸与危重症医学科、儿科、妇产科（妇科）、检验科、肿瘤科、神经外科、病理科、泌尿外科、肾病内科、骨科、心血管内科、神经内科、医学影像科（放射科）、中医理
- 厦门大学附属第一医院
三级甲等福建厦门市
- 重点科室：风湿免疫科、泌尿外科、血液内科、核医学科、全科医学科、神经外科、儿科重症医学科、临床护理、肿瘤内科、消化内科、心血管内科、普通外科、骨科、妇产科、儿科、急诊科、重症医学科、医学影像科、麻醉科、检验科、病理科、眼科、耳鼻咽喉科、呼吸与危重症医学科、神经内科、内分泌科、老年医学科
- 厦门大学附属翔安医院
三级甲等福建厦门市
- 重点科室：肝移植科、眼科、中医老年病科、皮肤病与性病科、肝胆外科、乳腺甲状腺外科、泌尿外科、烧伤整形科、骨科
- 厦门市中医院(厦门华侨医院）
三级甲等福建厦门市
- 重点科室：儿科、肝病科、肛肠科、骨伤科、慢性胃炎、风湿病科、糖尿病、脾胃科
- 陆军第七十三集团军医院
三级甲等福建厦门市
- 重点科室：骨科（脊柱外科中心／创伤骨科）、肿瘤治疗中心、癫痫诊疗中心、慢性肾病、中西医结合诊疗中心（肾病中心）、生殖医学中心、消化病微创治疗中心（消化系肿瘤介入）、血液净化规划重点专科
- 福建省泉州市第一医院
三级甲等福建泉州市
- 重点科室：呼吸与危重症医学科、感染病科、心血管内科、血液内科、神经内科、麻醉科、消化内科、普通外科、肝胆外科 、胃肠外科、胸外科、心血管外科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、骨科、妇科、整形外科、肿瘤科、 放射治疗科、重症医学科、儿科 、小儿外科
- 福建医科大学附属第二医院
三级甲等福建泉州市
- 重点科室：呼吸与危重症医学科、普通外科、含结直肠外科、胃食管外科、甲状腺外科、乳腺外科、肝胆外科、血管外科、整形外科、眼科、内分泌与代谢病科、骨科、脊柱外科
- 晋江市医院
三级甲等福建泉州市
- 重点科室：神经外科、骨科、创伤骨科、脊柱外科、关节外科、运动医学科、手足显微修复重建、足踝外科、心血管内科、普通外科、重症医学科、急诊医学科、消化内科、呼吸与危重症医学科、妇产科、儿科 、 新生儿科、泌尿外科
- 泉州市中医院
三级甲等福建泉州市
- 重点科室：针灸科、 中西医结合脑血管病专科、脑病科、中医妇科、中医肾病科、中医肛肠专科、中医骨伤专科、康复科中医外科、蛇伤科、脾胃肝胆科、心血管内科、治未病科、推拿科
- 泉州市正骨医院
三级甲等福建泉州市
- 重点科室：骨伤科、中医骨伤·泉州正骨疗法、软伤科、骨折整复、推拿科、脊柱外科、脊柱微创、小儿骨科、关节外科、创伤骨科、手足外科康复科、骨质疏松专科、颈肩腰腿痛专科
- 晋江市中医院
三级甲等福建泉州市
- 重点科室：脾胃病科、肿瘤科、中医护理学、针灸康复科、针灸科、康复医学科、皮肤科、产科、妇产科、骨伤科、治未病科、重症医学科、内分泌科、中医儿科、肛肠科、风湿病科
- 安溪县中医院
三级甲等福建漳州市
- 重点科室：针灸康复科、脾胃病科、骨伤科、肛肠科、治未病科、老年病科、脑病科、心病科
- 中国人民解放军联勤保障部队第九一Ｏ医院
三级甲等福建泉州市
- 重点科室：眼科、呼吸内科、普外科、胸外科、骨科、麻醉科、 烧伤科（含烧伤整形科）、肝胆外科、胃肠外科、血管外科、疝外科、肛肠外科、感染科（肝病）、神经外科（颅脑创伤救治）、口腔颌面外科
- 福建省漳州市中医院
三级甲等福建漳州市
- 重点科室：骨伤科、运动医学专科、创伤中心、针灸科、推拿科、康复医学科、糖尿病专科、呼吸与危重症医学科、妇科、心血管科、中医护理、中药制剂、肛肠科、脾胃病科、脑病科
- 勤保障部队第九〇九医院（厦门大学附属东南医院）
三级甲等福建漳州市
- 重点科室：骨科、烧伤与创伤外科、心胸外科、放射诊断科、 神经外科、普通外科、消化内科、急诊医学科
- 莆田市第一医院
三级甲等福建莆田市
- 重点科室：胸外科、骨科、关节与运动医学科、病理科、急诊科、胃肠外科、介入血管外科、肿瘤科、老年医学科、妇科、中医肛肠科、中医肝病
- 莆田学院附属医院
三级甲等福建莆田市
- 重点科室：微创脊柱外科、胸外科、骨科、麻醉科、普外科、心血管内科、呼吸与危重症医学科、儿科、神经内科、感染性疾病科、医学检验科、乳腺外科、神经外科、口腔科、肾内科、重症医学科、急诊科、医学影像科、康复医学科、针灸科、临床护理
- 三明市第一医院
三级甲等福建三明市
- 重点科室：消化内科、泌尿外科、心血管内科、妇产科、妇科、产科、骨科、呼吸与危重症医学科、眼科、肿瘤内科、化疗科、感染科、神经内科、肝胆外科、胃肠外科、儿科、新生儿科、急诊科、乳腺科、肿瘤外科、神经外科、胸心血管外科、康复医学科、内分泌科、肾内科、血液内科、风湿免疫科
- 三明市中西医结合医院(三明市第三医院)
三级甲等福建三明市
- 重点科室：耳鼻喉科、儿科、含儿童保健科、哮喘专科、骨伤科、中西医结合骨伤康复、神志病科、传染病科、急诊外科、脑病科、康复科、肛肠科、心血管内科、消化内科、肿瘤综合治疗科、妇产生殖科