临床主要用于治疗急性胰腺炎、消化不良、痛经、子宫内膜异位症、慢性盆腔炎等病症。

1.急性胰腺炎：膈下逐瘀汤合大承气汤加减86例患者，随机分为治疗组44例和常规治疗对照组42例，以临床表现为疗效评价指标。结果：治疗组有效率为93.18%，对照组有效率为71.43%，两组差异有统计学意义。(《中国现代药物应用》2011年第10期)

2.消化不良：膈下逐瘀汤加减治疗溃疡样消化不良患者52例，2周为1个疗程，以临床表现为疗效评价指标。结果：痊愈38例，显效13例，无效1例。(《中医研究》2006年第8期)

3.痛经：本方加减治疗痛经患者56例，3个月经周期为1个疗程，以临床表现为疗效评价指标。结果：治愈35例，好转18例，无效3例，总有效率94.6%。(《实用中医内科杂志》2008年第5期)

4.子宫内膜异位症：本方加减治疗子宫内膜异位症患者8例，以临床表现为疗效评价指标。结果：连续治疗3～4个月后，不再发生痛经，1年后随访，月经正常，近期疗效满意。(《光明中医》2007年第2期)

5.慢性盆腔炎：膈下逐瘀汤加味治疗慢性盆腔炎34例，以临床表现为疗效评价指标。结果：显效率61.8%，有效率97%。(《陕西中医学院学报》2001年第1期)