中医学理论体系是由有关事物互相联系、互相制约而构成的一个整体。科学理论体系是由基本概念、基本原理或定律和具体的科学规律三个基本知识要素组成的完整体系。如爱因斯坦所说，“理论物理学的完整体系是由概念、被认为对这些概念最有效的基本定律，以及用逻辑推理得到的结论这三者所构成的”。
中医学理论体系是由中医学的基本概念、基本原理，以及按照中医学逻辑演绎程序从基本原理推导出来的科学结论，即科学规律而构成的，是以中国古代的唯物论和辩证法思想，即气一元论和阴阳五行学说为哲学基础，以整体观念为指导思想，以脏腑经络的生理和病理为核心，以辨证论治为诊疗特点的独特的医学理论体系。