气、阴阳和五行，均为中国古代唯物主义哲学关于世界的物质构成的哲学范畴，属于世界本原的物质概念。气一元论、阴阳学说和五行学说，是中国朴素的唯物论和辩证法，是中国传统文化认识世界的根本观点和方法，体现了中华民族特有的智慧和才能。
气一元论、阴阳五行学说渗透到医学领域后，促进了中医学理论体系的形成和发展，并贯彻中医学理论体系的各个方面。其中，气一元论作为一种自然观，奠定了中医学理论体系的基石，如果说中医学理论体系的全部学说都是建立在气一元论基础之上的，也并不为过。而阴阳学说和五行学说作为方法论，则构筑了中医学理论体系的基本框架。气一元论、阴阳学说和五行学说，既各有所指和特点，又相互关联。
气一元论
气一元论认为，气是不断地运动着的物质实体，是世界万事万物的本原（或本体），为宇宙天体和天地万物统一的物质基础。运动是气的根本特性，阴阳是气的固有属性，气是阴阳的矛盾统一体，气的胜复作用即阴阳的矛盾运动是物质世界运动变化的根源，气聚而成形，散而为气，形（有形）与气（无形）及其相互转化是物质世界存在和运动的基本形式。物质世界是一个不断地发生着气的升降出入的气化运动的世界。气分而为阴阳，阴阳合而生五行，而五行之中复有阴阳。就世界的本原而言，作为一种自然观，气一元论是阴阳学说和五行学说的基础。“人以天地之气生，四时之法成”，人是天地自然之气合乎规律的产物。人体就是一个不断地发生着升降出入的气化运动的机体。人体的气可分为阴气和阳气两类。阴阳匀平，命日平人。生命过程就是阴阳二气对立统一运动的结果。人体的脏腑形体官窍等各个部分，又可按五行分为心、肺、脾、肝、肾等五个系统。五行之中复有阴阳和五行。机体就是这样联系密切、错综复杂的巨系统。
阴阳学说
阴阳是在气一元论的物质概念基础上发展起来的，具有深刻辩证性质的气本体论的概念。阴阳学说对世界本原的认识从属于气一元论，不仅具有自然观的特征，而且更具有方法论的性质。气一元论注重分析世界万物产生的本原，认为气是天地万物的无限多样性的统一的物质基础，以气之聚散来说明有形与无形之间的内在联系，强调事物的产生和消灭只是气的存在形式的转化，坚持了宇宙万物的形态多样性和物质统一性，着重回答哲学“本体论”的问题。而阴阳学说则注重研究气自身运动的根源和规律，认为气，一物两体，是阴阳矛盾的统一体。阴阳二气的相互作用是气自身运动的根源和一切事物运动变化的根本原因。用“一分为二”的辩证观点阐述相关事物或事物内部两个方面存在着的相互对立互根、消长转化和协调平衡。在气一元论基础上，体现了朴素的对立统一观念。认为整个宇宙是一个阴阳相反相成的对立统一体，阴阳的对立统一是天地万物运动变化的总规律。人体内部以及人与自然也是一个阴阳对立统一体。阴阳对立理论用来分析人体健康和疾病的矛盾，阐明生命运动的根本规律。阴阳学说在本体论上虽根于气一元论，但在方法论上更具辩证法思想，进一步发展了中国传统哲学。气的观念和阴阳矛盾的观念有机地结合，从而建立起对立统一的气一元论物质概念。
五行学说
五行学说对世界本原的认识也从属于气一元论，不仅具有自然观的特征，更具有朴素的普遍系统论性质。五行学说对宇宙本原的认识侧重于世界的物质构成，认为木、火、土、金、水是构成世界万物的物质元素，与气一元论主要说明世界的物质本原不同。五行学说用五行的生克制化、乘侮胜复规律，来说明自然界万事万物整体动态平衡性，视五行为宇宙的普遍规律，以五行为基础阐述事物之间生克制化、乘侮胜复的相互关系。由气而生成的天地万物，是由木、火、土、金、水五行结构系统所组成的整体，赖五行结构系统之间的生克制化、乘侮胜复机制，维持自然界的整体动态平衡。人体是一个以五脏为中心的五行结构系统所组成的有机整体。人与环境也是一个有机整体。中医学应用五行学说，从系统结构观点分析了人体局部与局部、局部与整体之间的有机联系，以及人体与外界的统一，论证了人体是一个统一整体的整体观念。五行生克乘侮胜复的调节机制，是人体脏腑经络结构系统保持相对稳定和动态平衡的原因。故曰：“造化之机，不可无生，亦不可无制。无生则发育无由，无制则亢而为害”，必须生中有制，制中有生，才能运行不息，相反相成。“气有余，则制己所胜而侮所不胜。其不及，则己所不胜，侮而乘之；己所胜，轻而侮之”。“有胜之气，其必来复也”。“微者复微，甚者复甚，气之常也”。气有阴阳，阴阳合而生五行，五行和阴阳结合而化生万物。五行系统结构的矛盾运动是宇宙的普遍规律，也是生命运动的普遍规律。阴阳五行的矛盾运动是人体之气运动的具体表现，是人体脏腑经络的运动规律，是生命运动的普遍规律。