临床主要用于治疗慢性乙肝、小儿手足口病、流行性感冒等病症。

1.慢性乙肝：以柴胡达原饮加减联合干扰素治疗HBeAg阴性慢性乙肝100例，与双环醇片联合干扰素治疗为对照34例，疗程6个月。以临床症状完全消失或症候群的主证消失，肝脾肿大回缩，无叩痛及自主痛，肝功能恢复正常，HBV - DNA转阴，HBeAg阴性为痊愈标准。结果：治疗组总有效率94%，对照组70.5%，且治疗组HBV - DNA阴转率明显高于对照组。(《社区中医药》2008年第18期)

2.小儿手足口病：将276例患儿分为治疗组和对照组各138例，治疗组给予柴胡达原饮加减，每日1剂，水煎服；对照组予静滴青霉素及利巴韦林。疗程均为1周。以用药后5日体温正常，疱疹完全消失，流涎停止为痊愈标准。结果：治疗组总有效率94.93%，对照组89.86%，治疗组优于对照组。(《宁夏医学杂志》2009年第1 1期)

3.流行性感冒：收集接受过多种抗生素药物治疗无效的流行性感冒患者100例，予柴胡达原饮治疗，水煎服，每日3次，服药期间嘱以清淡饮食，禁食油腻及辛辣。以退热时间为主要疗效标准。结果：1日内体温恢复正常者占62%，2日内体温恢复正常者占33%，3日内体温恢复正常者占5%；所有病例3日内体温正常，头痛恶寒、肌肉关节酸痛等症状基本消失，食欲增加，舌苔变薄，调养3～5日后全部恢复正常。(《内蒙古中医药》2005年第5期)