中医学学科体系的基本结构就学术分类而言，中医学理论体系的学科群，以基础与应用分，则可分为基础学科和应用学科两大类。以对疾病的认识、治疗和预防的医疗行为过程分，则可分为基础医学学科、临床医学学科和养生康复医学学科三大类。
基础医学
中医基础理论：中医基础理论是整个现代中医学科群的基础，其主要内容为中医学的哲学基础，脏象、经络、气血精津液、病因病机，以及预防治则康复等学说。
中医诊断学：中医诊断学是根据中医基础理论研究诊法和辨证的理论、知识和方法的一门学科，是联结理论与临床诊治的桥梁。
中药学：中医传统用以预防和诊治疾病的药类物质谓之中药，又称本草、草药、中草药，现统称中药。其主要来源于天然药物及其加工品，包括植物药、动物药、矿物药及部分化学、生物制品药。中药学主要研究中药的基本理论和各种中药的来源、采制、性能、功效及应用等，包括中药药理学、中成药学、中药栽培学、中药药材学、中药炮制学、中药制剂学、中药化学等分支。
方剂学：方剂，简称方。方指医方，剂指调剂。方剂是根据配伍的原则，以若干药物配合组成的药方，是治法的体现，是中医学理、法、方、药的重要组成部分；方剂学是研究中医方剂的组成、变化和临床应用的一门学科。其内容包括方剂的组成原则、药物的配伍规律、方剂的组成变化、剂型及方剂的用法等。
临床医学
中医学关于病证的认识及治疗病证的原则、措施和经验等，构成了中医应用学科的主体，并分别组合成为“中医内科学”、“中医外科学”、“中医妇科学”、“儿科学＂>；中医儿科学”、“中医骨伤科学”、“中医五官科学”、“针灸推拿学’’等临床学科。
养生康复医学
中医养生学是在中医理论指导下，探索和研究中国传统的颐养身心、增强体质、预防疾病、延年益寿的理论和方法，并用这种理论和方法指导人们保健活动的应用科学。中医康复学是以中医基础理论为指导，运用调摄情志、娱乐、传统体育、沐浴、饮证等病理特点，进行辨证康复的学科，是一门涉及社会学、伦理学、心理学等多个学科的应用性学科。