临床主要用于治疗急性一氧化碳中毒迟发脑病、失眠症、脑卒中后抑郁症等病症。

1.急性一氧化碳中毒迟发脑病：常规西医治疗的基础上加用菖蒲郁金汤加减治疗急性一氧化碳中毒迟发脑病20例，与单纯西医常规治疗20例作对照。以意识清楚，临床症状及体征消失，生活自理，能胜任日常工作，脑电图恢复正常为痊愈标准。结果：治疗组总有效率90.0%，对照组70.0%。(《中国医药导报》2010年第10期)

2.失眠症：应用加味菖蒲郁金汤联合艾司唑仑治疗失眠症50例，与单纯口服艾司唑仑治疗50例作对照，疗程30日。以睡眠时间增加，可≥6小时，或睡眠恢复到正常水平，睡眠质量良好，醒后无疲劳感，不影响正常工作学习为临床痊愈标准。结果：治疗组总有效率为94%，对照组84%。(《神经损伤与功能重建》2014年第1期)

3.脑卒中后抑郁症：应用菖蒲郁金汤治疗脑卒中后抑郁症58例，与盐酸帕罗西汀治疗59例作对照，疗程8周。以症状消失，情绪正常。HAMD减分率≥75%为痊愈标准。结果：治疗组总有效率75.86%，对照组74.58%。(《国医论坛》2012年第3期)

4.出血性中风伴意识障碍：应用西医基础治疗合菖蒲郁金汤加减治疗出血性中风伴意识障碍120例，与单纯西医基础治疗80例作对照，治疗时间至意识改善为止。以症状及体征消失，基本能独立生活为治愈标准。结果：治疗组总有效率95.0%，对照组72.5%。(《中西医结合实用临床急救》1998年第8期)