“矛盾法则，即对立统一的法则为辩证法的核心”（《毛泽东选集》）。阴阳是自然界运动发展的根本规律。生命是自然界物质运动的高度发展，是阴阳二相互作用的结果。生命的本质就是机体内部的阴阳矛盾，“阳化气”与“阴成形”的对立统一，以及机体同周围环境的矛盾统一。人的生命过程就是人体的阴阳对立双方在不断的矛盾运动中取得统一的过程。
“辩证法是关于普遍联系的科学”（《自然辩证法》）。中医学认为，人与自然、社会共处于一个统一体中，人的生理病理与自然、社会有着密切联系。人体自身的结构、机能，也是形神合一的有机整体，在生理病理上也是互相联系、互相影响的。中医学强调从联系的观点去认识人与自然、社会的关系，去处理健康与疾病的关系。
运动是物质的属性。中医学认为：一切物质，包括整个自然界，整个人体，都是永恒运动着的。其运动形式为升、降、出、入。人体生命过程就是一个动态平衡过程，在动态的相对的平衡之中，显示出人体生命过程的生、长、壮、老、已的各个阶段。
上述中医学辩证法思想的三个主要观点，贯穿在中医学的生理、病理、诊断和治疗各个方面。
①生理学的辩证法思想：它主要表现为人体以五脏为中心，体内外环境相统一的脏象学说的整体观；脏腑之间相互依存、相互制约的对立统一观；气血津液等生命活动的必需物质与脏腑生理功能、精神活动与生理活动之间的辩证统一观等。
②病理学的辩证法思想：它表现为邪气伤人，非常则变，既注意内因又不排斥外因的病因学观点；正气存内，邪不可干，强调内因的发病学观点；五脏相通，病变互传，移皆有次，注重整体联系的病理学观点等。
③诊断学的辩证法思想：中医学认为疾病是机体各系统脏腑器官之间，以及机体与外界环境之间，这种平衡协调生命过程的对立统一的破坏。因此，在诊断疾病时，不是把人体疾病孤立起来就病论病，而是将疾病的形成、发展、变化与人体所处的自然与社会环境联系起来，当作一个整体来考察。主张明天道地理，识社会人事，通过事物的相互关系诊察疾病，由外知内，四诊合参，透过现象认识疾病的本质；察色按脉，先别阴阳，要善于抓住疾病的主要矛盾，从四诊的初级诊断阶段进入到辨证的高级诊断阶段，认识疾病的本质，从而作出正确的诊断。
④防治学的辩证法思想：它体现在从运动变化的观点出发，强调未病先防，既病防变；用对立统一的观点指导治疗，主张扶正祛邪，调整阴阳；根据普遍联系的观点，提出治病应“必先岁气，无伐天和”，因时因地制宜，以及注意个体差异而因人施治等。治疗上强调“异病同治”，“同病异治”，整体与局部并重，外治与内治结合，动与静统一；证变治亦变，承认疾病的阶段性和治病的灵活性，用药应贵于轻重有度，有方有法等。而辨证论治则是辩证法思想在诊断和治疗上的集中反映。