哲学是关于世界最一般的运动规律的科学。任何一门科学的形成和发展都离不开哲学。在哲学与自然科学尚未彻底分开的古代尤为如此。中医学吸取了汉代以前的哲学成果，直接地大量地引用气、阴阳、五行、形神、天人关系等重要的哲学概念和学说，去阐明医学中的问题，使之成为中医学的重要概念和理论，把哲学理论与医学理论熔铸成为一个不可分割的有机整体，体现出中国古代东方的特殊思维方式。中国古代哲学为中医学理论的形成和发展奠定了世界观和方法论基础，而中医学理论的形成和发展又丰富和发展了中国古代哲学。中国古代哲学与中医学相辅相成，相得益彰。
气一元论：“气”在中国哲学史上是一个很重要的范畴，在中医学的学术思想中占有特别重要的地位，是中医学的哲学和医学理论的基石。气是物质实体，是构成宇宙天地以及天地万物的最基本元素，具有运动的属性。气的运动是气内部的相互作用，是事物发展变化的源泉，气和形以及两者的相互转化是物质世界存在和运动的基本形式。
阴阳学说：阴阳学说是在“气”的基础上建立起来的，与气一元论紧密地结合在一起，是中国古代朴素的对立统一理论。阴阳是标示事物状态特征的范畴，一是代表两种对立的特定属性，二是代表两种对立的特定的运动趋向或状态。阴阳是宇宙的总规律。但是阴阻范畴不仅具有对立统一的属性，而且还具有另外一些特殊的质的规定，与现代辩证法的矛盾范畴。
五行学说：五行学说是中国古代朴素的普通系统论。中医学运用五行学说，从系统的整体观点观察事物，认为任何一个（类）事物的内部都包含着具有木、火、土、金、水五种功能属性的成分或因素，并且木、火、土、金、水这五个方面按照一定规律相互联系，形成这一事物的整体功能结构。五行结构系统，通过与反馈机制相似的生胜乘侮关系，保持系统的稳定性和动态平衡，从而论证了人体局部与局部、局部与整体之间的有机联系，以及人与环境的统一，即人体是一个统一整体的整体观念。五行学说的朴素的系统观念是现代系统理论的原始形态，在最一般的原则上与现代系统论相一致。但五行学说是一种朴素的系统理论，不可能像现代系统论那样更科学地阐明所有系统结构的一般关系和一般规律。