十二支配六气是：“子午之上，少阴主之；丑未之上，太阴主之；寅申之上，少阳主之；卯酉之上，阳明主之；辰戌之上，太阳主之；巳亥之上，厥阴主之”（《素问·五运行大论》）。即逢子午年为少阴君火之气所主，逢丑未年为太阴湿土之气所主，逢寅申年为少阳相火之气所主，逢卯酉年为阳明燥金之气所主，逢辰戌年为太阳寒水之气所主，逢巳亥年为厥阴风木之气所主。
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│地支│ 子午 │ 丑未 │ 寅申 │ 卯酉 │ 辰戌 │ 巳亥 │
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│ 三阴三阳 │ 少阴 │ 太阴 │ 少阳 │ 阳明 │ 太阳 │ 厥阴 │
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│六气│ 君火 │ 湿土 │ 相火 │ 燥金 │ 寒水 │ 风木 │
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十二支之所以这样配六气，是因为三阴三阳六气有正化和对化之不同。正化、对化之说出自王冰的{玄珠密语》。所谓正化就是指生六气本气的一方。所谓对化就是指其对面受作用或相互影响的一方。换言之，“本位”是正化，与“本位”相对的就是对化。十二地支中的寅卯辰位于东方，巳未午在南方，申酉戌在西方，亥子丑在北方。午与子均为少阴君火，但午为南方火位，所以说午为君火的正化。子为北方的水位，虽然不是火位，但在南方午主君火的时候，则北方的子便与午相对，也成了君火之主，所以说子是君火的对化。未与丑均为太阴湿土，但未在西南方，未为六月月建，六月为长夏，土旺于长夏，所以说未为太阴湿土的正化。丑位东北方，在西南方未主太阴湿土的时候，则东北方的丑便与未相对，也成了太阴湿土之主，因此丑为太阴湿土的对化。寅与申均为少阳相火，火虽得南方的午位，但午已取君火之位，寅位东方，东方属木，木能生火，火生于寅，所以寅为少阳相火的正化。申与寅相对，故申为少阳相火的对化。酉与卯均为阳明燥金，但酉位正西方，西方属金，所以酉为阳明燥金的正化。卯与酉相对，故卯为阳明燥金的对化。戌与辰均为太阳寒水，但戌位西北方，西方属金，北方属水，因金能生水，为水之母，所以戌为太阳寒水的正化。辰与戌相对，故辰为太阳寒水的对化。亥与巳均为厥阴风木，但亥位北方，北方属水，水能生木，为木之母，所以亥为厥阴风木的正化。巳与亥相对，故巳为厥阴风木的对化。
这种六气正化对化之说为王冰所首倡，并为后世刘温舒、李梃、张景岳等医家所从。其中刘温舒对此有精辟的论述，谓：“六气分上下左右而行天令，十二支分节令时日而司地化。上下相召，而寒、暑（热）、燥、湿、风、火与四时之气不同者，盖相临不一而使然也。六气司于十二支者，有正对之化也。然厥阴所以司于巳亥者，何也。渭厥阴木也，木生于亥，故正化于亥，对化于巳也。虽有卯为正木之分，乃阳明金对化也，所以从生而顺于巳也。少阴所以司于子午者，何也？谓少阴为君火尊位，所以正得南方离位，故正化于午，对化于子也。太阴所以司于丑未者，何也，谓太阴为土，土属中宫，寄于坤位西南，居未分也，故正化于未，对化于丑也。少阳所以司于寅申者，何也，谓少阳相火，位卑于君火也，虽有午位，君火居之，火生于寅，故正化于寅，对化于申也。阳明所以司于卯酉者，何也，谓阳明为金，酉为西方，西方属金，故正化于酉，对化于卯也。太阳所以司辰戌者，何也，谓太阳为水，虽有子位，以居君火对化，水乃伏土中，即六戌天门戌是也，六己地户辰是也。故水虽土用，正化于戌，对化于辰也。……此天之阴阳合地气十二支，动而不息者也”（《运气论奥谚解》）。
六气以三阴三阳为主，结合地支，用以说明和推算每年气候的一般变化和特殊变化。每；年的六气，一般分为主气和客气两种，主气用以述常，客气用以测变：客气和主气相合，称为客主加临，可以用来进一步分析气候的复杂变化。