临床主要用于治疗早泄、虚火牙痛、脊髓空洞症、痤疮、慢性乙型肝炎等病症。

1.早泄：三才封髓丹加减治疗阴虚火旺型早泄52例，连续治疗8周。以治疗前后阴道内射精潜伏期(IELT)、中国早泄患者性功能评价表(CIPE-5)评分的变化来评价治疗效果。结果：治疗后患者IELT明显延长，CIPE-5评分值明显提高。治愈15例，有效23例，无效14例，总有效率为73.1%。(《湖南中医杂志》2012年第11期)

2.虚火牙痛：本方治疗虚火牙痛96例。治愈时间为1～14日。以牙痛及全部肾阴虚证的症状消失，舌质淡红，苔薄白，脉象基本恢复正常为临床痊愈标准。结果：治愈85例，显效8例，有效3例，总有效率100%。服药1剂痊愈者9例，2剂者16例，3～4剂31例，5～6剂28例，7～14剂12例。(《现代中西医结合杂志》2008年第3期)

3.脊髓空洞症：针刺配合三才封髓丹治疗脊髓空洞症40例，对照组40例单纯使用针刺治疗。15日为1个疗程，疗程之间间隔1周，6个疗程统计疗效。参照《临床神经疾病学》拟定疗效评定标准，以主要症状和体征明显好转，感觉分离区缩小或萎缩的肌肉有所恢复或肢体痛麻感消失为显效。结果：总有效率治疗组为97.5%，对照组为75%。(《武警医学》2008年第5期)

4.痤疮：本方加减治疗痤疮53例。以粉刺及脓疮囊肿消失，仅遗留少许瘢痕为痊愈；用药10日无明显改善为无效。结果：痊愈26例，显效19例，有效5例，无效3例，总有效率为94.3%。(《吉林中医药》2001年第5期)

5.慢性乙型肝炎：加味三才封髓丹治疗老年性慢性乙型肝炎58例。治愈10例(主要症状消失，肝脾恢复正常或明显回缩，肝功能检查恢复正常，HBSAg转阴，随访1年无异常改变)，基本治愈18例(HBSAg未能转阴，余同以上各项，随访半年无异常改变)，好转23例(主要症状消失或明显减轻，但肝脾无明显回缩，肝功能检查正常或轻微异常)，无效7例(含死亡3例，主要症状未能好转，肝功无改善，或病情加重甚至死亡)，总有效率为87.9%。(《新中医》1995年第3期)