临床主要用于治疗手足口病、急性化脓性扁桃炎、喉源性咳嗽等病症。

1.手足口病：以银翘马勃散治疗150例，与利巴韦林及阿昔洛韦片治疗95例对照。疗程为5日，以手、足、口腔等部位疱疹及溃疡等症状的消退为疗效评价标准。中药组有效率为93%，对照组总有效率为84%。两组比较差异有统计学意义。(《光明中医》2005年第5期)

2.急性化脓性扁桃体炎：以本方加味口服并结合抗生素静滴和口服治疗68例，与单纯抗生索静滴和口服治疗65例对照疗程为5日，以咽痛及扁桃体渗出物为疗效评价标准。结果：治疗组痊愈65例，有效2例，无效1例，总有效率99%；对照组痊愈49例，有效11例，无效5例，总有效率92%。两组比较差异有统计学意义。(《现代中西医结合杂志》2007年第8期)

3.喉源性咳嗽：以银翘马勃散加味治疗10例，与阿莫西林等西药治疗52例对照。疗程为7日，以咳嗽程度及次数的缓解为疗效评价标准；结果：痊愈36例，有效10例，无效4例，总有效率为92.0%；对照组痊愈14例，有效20例，无效18例，总有效率65.4%。两组比较差异有统计学意义。(《陕西中医》2005年第12期)