中医学的历史，是学术不断发展、不断创新的历史。自中华人民共和国成立以来，在中目共产党和中华人民共和国政府的关怀下，中医学理论取得了长足的进步，在研究的广度和深度及方法上均超过了历史任何时期。当代中医学理论的研究，以系统整理、发扬提高为前B，运用传统方法和现代科学方法，多学科多途径地逐步揭示了中医学理论的奥秘，使中医学理论出现了不断深化、更新，并有所突破的态势。
在中医学文献的系统整理与研究方面，以中医高等院校统编教材《中医基础理论》《中医学基础》为标志，构筑了中医基础理论的基本体系。阐释经旨，赋予新义，开拓新境的《阴阳五行》《中医学概论》《实用中医基础学》《气血论》等许多论著和佳篇，则反映了中医学理论水平的提高。
在中医学理论的研究方法上，除运用文献方法研究中医学理论的本源，进一步揭示其学术内涵外，利用多学科知识和方法研究中医学理论则是当代中医学理论研究的重要特点。中医基础理论蕴含着现代自然科学中某些前沿理论的始基，为哲学、天文学、气象学、数学、物理学、系统科学、生命科学等，提供了一些思维原点或理论模式。诸如《内经的哲学与中医学的方法》的问世，以及泛系理论与辨证论治、天文学与五运六气、太极阴阳理论、运气与气象、控制论与治法理论、气与场、气与量子力学等研究成果的发表，使中医学理论研究与当代前沿科学相沟通，具有强烈的时代特点和创新意识。
运用现代医学及其他现代科学知识和方法，特别是实验方法，研究中医学的脏象、经络、气血、证候、诊法、治法等，使中医基础理论研究的方法从经学的、经验的、自然哲学的方法上升为现代科学技术方法，初步阐明了中医学理论某些概念、原理的科学内涵。如从肌电、皮肤温度、皮肤电阻、血流图、超声波、激光及同位素追踪、微观解剖、内分泌、神经化学等多方面研究，证实了经络现象是客观存在的。关于经络的实质，则提出了神经体液说、低阻抗说、皮层内脏相关说、第三平衡系统论、波导论和液晶态说等学说，这些学说尚有待进一步验证、探索。中医学脏象学说的研究，通过临床观察，特别是动物实验，在探讨中医脏腑的实质方面，取得了一定的进展，尤以脾肾研究为多。研究资料表明：在肾阳虚时，下丘脑-垂体-肾上腺皮质、下丘脑-垂体-性腺、下丘脑-垂体，甲状腺三轴出现功能紊乱与低下，肾阳虚证的主要发病环节是下丘脑的调节功能紊乱。脾虚则与胃、肠、胰等整个消化系统功能减退、免疫功能障碍、植物神经系统紊乱、，生物膜的结构与功能异常有关。其他对肝、心、肺的研究也取得了举世瞩目的成就。
为了推动中医学理论研究的发展，中国政府已把中医脏象学、病因学、辨证学、诊法及治则治法、养生学、动物造模、经络研究、针刺麻醉机理研究以及文献研究等内容列入“九五”、“十五”期间国家中医药科研规划。
中医学理论研究已成为世界性的研究课题，各国学者多有建树。当代中医学理论研究成就非凡，随着研究的不断深入，中医学理论研究也必将取得重大突破，为生命科学的发展作出自己的贡献。